- Desa Purwobinangun (16 Dusun): Turgo, Ngepring, Kemiri, Nglengosari, Tawangrejo, Wringin, Potro, Watuadeg, Jamblangan, Beneran, Bunder, Kradangan, Gatep, Karanggeneng, Kadilobo, Sembung.
- Desa Candibinangun (12 Dusun): Bulus I, Bulus II, Kembangan, Sambereme, Pakisaji, Pagerjurang, Baratan, Nepen, Kumendung, Cemoroharjo, Kemput, Potrowangsan.
- Desa Harjobinangun (11 Dusun): Jurangjero, Trojayan, Blembem Lor, Ngelo, Blembem Kidul, Cepit, Pojok, Kaliwanglu Kulon, Kaliwanglu Wetan, Turgogede, Penen.
- Desa Pakembinangun (10 Dusun): Purwowidadi, Sambi, Kertodadi, Paraksari, Sempu, Demen, Duwetsari, Pakemgede, Pakemtegal, Sukunan.
- Desa Hargobinangun (12 Dusun): Jetisan, Sawungan, Purworejo, Banteng, Boyong, Ngipiksari, Kaliurang Timur, Kaliurang Barat, Pandanpuro, Randu, Tanen, Wonorejo.
Di Kecamatan Pakem, Kabupaten Sleman terdapat 5 Desa dan 61 Dusun, yaitu sebagai berikut: